典型的な細菌では肺炎球菌、インフルエンザ菌、黄色ブドウ球菌、腸内細菌目、緑膿菌などを考えます。非定型病原体にはマイコプラズマ、クラミジア・ニューモニエ、レジオネラがあります。呼吸器ウイルスではインフルエンザ、新型コロナ、RSV、ヒトメタニューモウイルス、ライノウイルスなどが検出されます。患者背景と発症環境で優先順位は変わります。[1][2][3][4][5]

日本の成人市中肺炎56研究・17,095例をまとめた解析では、病原体が特定できなかった例が44.1%でした。特定された候補では肺炎球菌20.0%、インフルエンザ菌10.8%、マイコプラズマ7.5%が上位でした。ただし、入院・外来、検査方法、時代、流行で割合は変わり、この数値を個人の原因確率へそのまま当てはめることはできません。[3]

遺伝子検査の普及により、成人市中肺炎でも呼吸器ウイルスが多く検出されることが分かってきました。系統的レビューでは、PCRを用いた研究でウイルスが検出される割合が高まり、細菌との混合感染もみられました。鼻咽頭からウイルスが検出されても、肺炎の主原因か、同時にいるだけかを症状・画像・炎症所見と合わせて解釈します。[4][5]

急な高熱、さび色の痰、乾いた咳、関節痛などは手掛かりになることがありますが、病原体ごとに完全に分かれる症状ではありません。黄色・緑色の痰は炎症細胞が関係し、色だけで細菌性肺炎や抗菌薬の必要性を決めません。若い人の乾いた咳でも重症化する病原体があり、高齢者では典型症状が乏しい場合があります。[1][2][6]

喀痰グラム染色・培養、血液培養、尿中抗原、鼻咽頭の遺伝子検査などがあります。外来の軽症例へ全検査を行うのではなく、重症、耐性菌リスク、集団発生、治療反応不良などで優先します。喀痰検査は唾液の混入が少ない良質な検体が重要です。抗菌薬開始後は菌が検出されにくくなる一方、採取のために必要な治療を遅らせません。[1][2][6]

細菌性肺炎を疑う場合は、重症度、発症環境、最近の抗菌薬、過去の耐性菌、腎機能、アレルギーから抗菌薬を選びます。ウイルス性肺炎そのものに抗菌薬は効きませんが、細菌の混合感染を否定できない重症例では両方を考える場合があります。インフルエンザや新型コロナなどは、発症時期と重症化リスクに応じて抗ウイルス薬を検討します。培養と治療反応で薬の範囲を見直します。[1][2][7]